Родился в 1907 году в деревне Александровка Уваровичского района Гомельской области. Белорус, из крестьян.

До начала Великой Отечественной войны С.А. Исаков трудился на торфозаводе в Уваровичском районе Гомельской области. До 1943 года он проживал на оккупированной территории.

После освобождения Гомельской области от гитлеровских захватчиков С.А. Исаков был призван в ряды Красной Армии. Рядовой С.А. Исаков принимал участие в освобождении Белоруссии. В 1944 году он был ранен.

В 1945 году С.А. Исаков возвратился на Гомельщину и продолжал трудиться на торфопредприятиях области. Но раны давали о себе знать.

В 1957 году Степан Афанасьевич Исаков работал гардеробщиком в Гомельском государственном педагогическом институте имени В.П. Чкалова.