Родился в Копийском районе Челябинской области в семье крестьянина-бедняка. Русский. Трудовой путь начал в 1909 году. В 1919 – 1923 годах служил в рядах Красной Армии (боец, политрук роты). В 1924 году окончил Ленинградскую военно-политическую школу и работал заместителем политрука роты связи 1-го стрелкового корпуса. После демобилизации из армии Иван Афанасьевич был направлен на профсоюзную работу. В 1930 году он окончил Ленинградскую школу профдвижения, в 1934 году – Институт Красной профессуры. До 1940 года И.А. Ильиных работал заведующим сектором, консультантом ВЦСПС, одновременно являлся преподавателем кафедры марксизма-ленинизма Московского института цветных металлов и золота.

С началом Великой Отечественной войны И.А. Ильиных добровольно ушёл на фронт политрук роты в составе Московского народного ополчения. В октябре 1941 года он был контужен на Западном фронте, попал в окружение, но смог быстро устанавить связь с подпольем и вступил в партизанский отряд «За Родину». Политрук, командир батальона, командир партизанского полка – таким был путь партизана И.А. Ильиных в Смоленских и Брянских лесах до соединения с частями Красной Армии в 1943 году. Ратный путь Ильиных И.А. отмечен орденом Красного Знамени, медалями «Партизану Отечественной войны» 1-й и 2-й степени, «За победу над Германией».

С 1943 года Иван Афанасьевич лектор Брянского обкома коммунистической партии, редактор Брянской областной газеты, заведующий кафедрой института профдвижения. С 1948 года его жизнь связана с Гомелем. Он работал в Гомельском педагогическом институте им. В.П. Чкалова и государственном университете заведующим кафедрой истории СССР, деканом исторического факультета, в 1950 году утвержден в звании доцента. На заслуженный отдых Иван Афанасьевич ушел с должности доцента кафедры истории КПСС в 1982 году.